Historiquement les Pupilles se sont distingués de la mouvance catholique (Secours catholique) qui collectait jusqu'alors l'ensemble des dons grâce à l'action du Ministre de l'Instruction Publique, Paul Painlevé, en 1915. L'Œuvre des Pupilles était née, en plein conflit mondial, pour venir en aide aux premiers " orphelins des écoles publiques ".
Dès 1915, elle était agréée et reconnue d'utilité publique.

1916 voit le lancement du " Sou des pupilles " ; en 1920, c'est la première colonie de vacances, suivie en 1924 par la création du premier sanatorium (Le Balcon de Cerdagne à Odeillo - 66). En 1926 les premières " écoles de plein air pour enfants chétifs " et les écoles d'apprentissage voient le jour.
En 1927, le premier orphelinat laïque est ouvert à Verrières.

Paul Painlevé, alors Président des Pupilles, fait modifier les statuts pour que l'Œuvre s'occupe de "tous les enfants en difficulté et des victimes d'iniquités sociales".

Suite à la seconde guerre mondiale, l'Oeuvre des Pupilles se lance dans le développement d'établissements spécialisés en parallèle avec d'autres organisations laïques :

Le projet national 1996-2000 étend les missions des PEP à " tous les orphelins de la société ", amenant à une nouvelle politique dans le champ " Sanitaire, Social et Médico-social " (SMS), puis en 1999 à une redéfinition des actions dans le champ des " vacances et loisirs ". Il affirme le lien historique de la complémentarité de PEP avec l'école publique ainsi que les valeurs de laïcité et de solidarité comme base de leur engagement.

Le projet 2000-2005, "Avec l'école, pour une société plus solidaire", a permis de développer les actions des PEP dans trois domaines de compétences : l'accompagnement de l'enfant et de la famille, le social et le médico-social, l'éducatif et le pédagogique.

Le troisième projet (2006-2010) "Accompagner pour une société plus solidaire", donne pour objectif global l'accompagnement de la personne (enfant - jeune - adulte) et pour finalité son appartenance à la société commune par l'accès égal de chacun aux droits à l'éducation, à la culture, aux soins, au travail et à la vie sociale.